农产品地理标志商标与地理标志企业商标结合起来使用，基本形成了地理标志商标运用中的母子商标模式。地理标志商标运用模式类型，可以依据政府和市场的作用分为政府主导型、协会主导型和企业主导型，也可依据生产和销售环节分为生产控制型和市场控制型。政府主导型，顾名思义政府起到主导作用。

   如平和琯溪蜜柚地理标志商标由平和琯溪蜜柚发展中心持有，中宁枸杞地理标志商标由中宁县枸杞产业管理局下属的枸杞生产管理站持有。此种模式具有政府作用强、政策导向大等特点。此种模式适用于地理标志产业在区域经济发展中是支柱产业或是在区域经济具有重大影响力的产业，也适用于特别保护型地理标志。协会主导型，是在地理标志商标运用中，地理标志协会起到主导作用或者协会在政府部门的支持下起到主导作用。如郫县食品工业协会在郸县食品饮料产业推进办公室支持下运用郫县豆瓣地理标志商标，浏阳市烟花分会在浏阳市鞭炮烟花管理局支持下运用浏阳花炮地理标志商标，射阳大米协会利用五个统一(统一原料品种、统一产品标准、统一商标标识、统一质量管理、统一依法经营)运用射阳大米地理标志集体商商标。此模式具有协会作用大、协会运作能力强等特点。种模式适用于地理标志由多个大企业或基地生产、加工，协会的协调作用在地理标志保护与发展中能起到巨大作用。企业主导型，是在地理标志商标运用中，龙头企业起到主导作用，或者龙头企业在政府和协会的支持下起到主导作用。如寿光青罗卜、寿光小黄瓜、寿光胡萝卜等十二个地理标志商标由寿光蔬菜瓜果产业协会注册并持有，由寿光蔬菜产业集团有限公司实际运用。都匀毛尖茶地理标志商标由都匀毛尖茶集团有限公司持有。此模式适用于地理标志保护范围较小，或具有保密性质的技术性特别强的地理标志。生产控制型，是在地理标志商标运用中，关键控制生产环节。如胶州大白菜“认证生产基地、监控生产过程，做到胶州大白菜棵棵有身份”。库尔勒香梨加强包装控制。许多加工品地理标志是生产控制型，因为生产主体大多是企业，农户少，便于生产环节监管控制，如郫县豆瓣和浏阳花炮。此模式具有生产环节直接影响地理标志产品品质，且生产环节可以被有效控制等特点。此模式适用于地理标志产品品质对生产或种养殖过程具有很大依赖性，不同生产或种养殖过程会得到品质各异的地理标志产品。市场控制型，是在地理标志商标运用中，关键控制市场销售环节。如安溪铁观音地理标志商标实行政府推荐品牌制度，向市场推荐“十佳品牌和企业”。韩城大红袍和中宁枸杞在产品产地建有专业市场，规范地理标志商标运用。平和琯溪蜜柚由政府对超市颁发直销店铭牌，建立起全国5000家超市加盟的市场销售网络。此模式具有产品市场需求强，产品品质高等特点。此模式适用于地理标志产品在社会上有一定影响力，市场对产品需求量较大。地理标志商标运用的特点是政府的作用和市场的作用相结合，多种式相融通，在市场经济体制下，要发挥市场在资源配置中的决定性作用更好发挥政府作用，提高地理标志可持续发展能力。

   农产品地理标志商标运用模式，主要考量的是商标注册人，政府，协会，企业，农户之间的关系，这几者之间的关系将直接影响着农产品地理标志使用情况的好坏。关系比较复杂不好处理的主要原因是：没有统一有力的组织协调和扶持引导,或没有广告宣传,或没有统一的包装,或政府不重视,管理混乱,经营无序等。在农产品地理标志商标运用和管理工作中,要本着“发挥市场在资源配量的决定性作用和更好发挥政府作用”的精神,结合地理标志权益的区域性和市场组织化程度不高的现实,处理“政府、协会、企业、农户”的关系。地方政府发挥推动作用,企业起到市场主体作用,建立利益协调机制,推动地标志可持续发展。市场宣传工作存在力度不够、频次不高等现象,仍需要加大宣传提高大众的地理标志意识。统一的市场促进工作能增强大众对农产品地理标志商标的认识度。